疑問に思っていたことが解決しました
あなたはサーチコンソール（Search Console）を使っていますか？
私を含め、サイト管理者のほぼ全ての方がサーチコンソールを日々使用しているのではないでしょうか。
サーチコンソールにはFetch as Googleやインデックスされたページ数、被リンクの調査など、サイト管理者にとって多くの役に立つ情報を取得することが出来ます。
ただ、残念ながらたまにバグが発生することもあり、いつも完全なデータが取得出来るというわけではありません。
これまでもインデックスされたページ数が突然変化（増加、減少）するバグが何度か起こっています。
【Google】Search Consoleに限らず、Googleのツールでもバグが起こることがあります - 検索サポーター
他にも外部リンクレポートの総リンク数と詳細リンク数が一致しないことがよく起こるのですが、私はこれもよくあるサーチコンソールのバグの一つなのだろうと考えていました。
しかし、どうやらこれはバグではなく「あえて利用者にとって役に立つように加工されているために一致しない」ようです。
その理由が先週末の『Web担（Web担当者Forum）』のエントリー「ページ表示が遅いと41%が離脱!? グーグルがAMPに本気っぽい などSEO記事まとめ10+4本 | 海外&国内SEO情報ウォッチ | Web担当者Forum」のテーマ「Search Consoleで総リンク数と詳細リンク数が合っていないのはなぜ？」にて、GoogleのTakeaki氏の公式ヘルプフォーラムでの説明によって解説されていました。
バグじゃなかったんだ！
リンク否認を行い、自分のサイトの価値を高めましょう
サイトが特定できないため一般論としてコメントしますと、そういった状況が起こりうることは十分に考えられます。
サイトへのリンクに表示されるリンクは網羅的な情報ではなく関連性の高いリンクなどを中心にサンプルして表示しています。例えばひとつのサイトから多数のリンクが貼られており、かつほかのサイトからはあまり貼られていないような場合、そのひとつのサイトからのリンク情報を全て表示してもウェブマスターのメリットは少ないため、表示されないこともあります。今回のケースでもおそらくそういった理由により、サンプル リンクの数がリンク総数に比べて著しく少なくなっている理由ではないかと考えられます。
引用：
https://productforums.google.com/forum/#!msg/webmaster-ja/7fOmvsrzrvQ/Ezs-y08wDgAJ
総リンク数と詳細リンク数が一致しないのはバグではないどころか、Google側によって役に立つように加工して提供していることが真実でした。
確かにひとつのサイトからのリンク情報を全て表示し、それを全て把握することに努めるよりも「どんなサイトからリンクが貼られているか」を、もれなく把握することのほうが重要であると私も考えます。
また、実際にリンクを貼っているサイトをしっかり調べてみると、中にはスパムと判定されても仕方がないコピーコンテンツや中身のない低品質コンテンツばかりのサイト、リンクファームになっているサイトがあったりします。
そういったサイトからのリンクは、結果的にネガティブSEOを受けていることと同じです。
もうすぐ次のペンギンアップデートも実施されます。
とても面倒くさい作業ではありますが、必要があれば今のうちにしっかりとリンク否認を行い、自分のサイトの価値を高めることに努めましょう。
【SEO】不自然なリンクの削除（リンク否認）はやっておくべきです - 検索サポーター
【SEO】手動ペナルティはなくならないので常にネガティブSEOには注意しておこう - 検索サポーター
