※ 2015/1/31：「既に存在しないリンクは否認しなくてよい」ことを説明したエントリーへのリンクを文末に追記。
放置せずにちゃんと対応しましょう
『Web担（Web担当者Forum）』のエントリー「「JS・CSS・画像の動的配信」に対するグーグル社員からの3つのアドバイス | 海外&国内SEO情報ウォッチ | Web担当者Forum」のテーマ「質が高いリンクがあればペンギンアップデートはへっちゃらってホント？」に、不自然なリンクに対する手動対策からの解除には、問題となる不自然リンクの徹底的な削除を行ったうえで質が高い自然なリンクを得ることで回復がなされると書かれていました。
以前に『海外SEO情報ブログ』のエントリー「リンク否認しなくても良質なリンクを増やせばペンギンアップデートから回復できる | 海外SEO情報ブログ」でも「不自然リンクを放置していいということではない」と書かれていましたが、今回、Googleのジョン・ミュラー氏もその通りであるということを明言しました。
「高品質なサイトから自発的なリンクを獲得しようとする」ことは、別の側面として「単にリンク構築を行う」ことになってしまう可能性がある。そうなると結果として、さらに多くの不自然リンクを自分のサイトに集めることになる可能性がある。
リンクに問題があることがわかっているなら、不自然なリンクをさらに集めたとしても問題は解決しない。
特にビジネス目的でWebサイトを運営しているのならば、まずは問題点を解決するべきだ。すでに存在する問題を何か別のもので覆い隠そうとするべきではない、
引用：
「JS・CSS・画像の動的配信」に対するグーグル社員からの3つのアドバイス | 海外&国内SEO情報ウォッチ | Web担当者Forum
結論は「放置せずにちゃんと対応しましょう（リンク否認しましょう）」ということですね。
しっかり対応しましょう。
リンク否認を行ってもサイトの評価は下がりません
当ブログでも以前に「リンク否認を行ってもサイトの評価が下がることはない」と書きました。
「リンク否認を行ったら、サイトの評価も落とされるのでは？」という噂がありますが、決してそんなことはありません。
【SEO】リンク否認を行ってもサイトの評価が下がることはない - 検索サポーター
「企業、法人サイトでない個人レベルのサイト（ブログ）であればリンク否認を行う必要がない」ともよく言われますが、それはあくまで「不自然なリンクであるかの判断がつかない場合」という前置きがあってのことです。
明らかに問題だと分かるリンクなら積極的にリンク否認を行うのがよいでしょう。
リンク否認したったー！
被リンクはプラスにもマイナスにも評価されるからこそ
以前の「被リンクは質より量」の時代よりも、現在は被リンクの価値はかなり下がりましたが、それでもゼロになったわけではなく、依然として被リンクは評価基準であり、プラスにもマイナスにも評価されます。
マイナス（ペナルティ）にも評価されるということは、残念ながら現在もネガティブSEO（逆SEO）は有効であるということでもあり、悪意をもって攻撃することも出来る状況にあるということでもあるのです。
では、逆SEOの攻撃を受けた（マイナス評価される被リンクを貼られてしまった）場合はどうすればよいのか。
私達に出来ることは、定期的にウェブマスターツールをチェックして、手動ペナルティとなるような被リンクが貼られていないか、確認を怠らないようにすることです。
（見つけ次第、すぐにリンク否認を行ってくださいね。）
【SEO】ペナルティサイトをライバルサイトに転送するネガティブSEOは可能？ - 検索サポーター
こういった細かいサイト管理、メンテナンスを面倒くさがらずにやることは、結果として良い評価に繋がりますよ。
【追記】
「既に存在しないリンクは否認しなくてよい」ことを別エントリーにて纏めました。
こちらも合わせてお読みください。
【SEO】既に存在しないリンクは否認しなくてよい - 検索サポーター
