はてなは以前より独自の対策を行っています
はてながGoogleから低品質だと指摘を受けたはてなダイアリーを、クローラー対象外にした（検索エンジンのインデックス対象から外した）そうです。
はてなダイアリーのmetaタグにnoindex,nofollowが追加された理由はGoogleからの低品質コンテンツの指摘 - ニートが社長になれる情報
はてなは以前より独自のガイドラインに沿ってスパム対策を行っており、今回もGoogleの指摘に応じて当該ブログのmetaタグに、name="robots" content="noindex,nofollow"を追加する処置を取りました。
そのはてなのガイドラインには「質の低いブログ（公序良俗に反するもの、他媒体から転載した過度なもの、真偽の疑わしいゴシップ情報・・・etc）は、検索クローラーから除外する措置を取ることがある」ということが書かれています。
【ブログ運営】はてなブログのガイドラインが改定 質の低いブログは検索クローラーから除外 - 検索サポーター
（私は当該ブログを実際に見たわけではないので）管理者が語ることからしか判断できませんが、Googleが低品質と判断した理由は「アフィリエイトリンクが多く、リンクもnofollowをつけていなかった」と語られているように、アフィリエイトリンクがスパムとみなされてペナルティを受けたものだと推測されます。
はてなブログは他のレンタルブログサービスと比べて2ちゃんまとめブログなどのコピーコンテンツの存在がかなり少ないブログサービスですし、今回のように低品質というGoogleの指摘に応じて対応したということを知り「はてなの運営側はしっかり仕事をしているのだな・・・」と感心すらしてしまいました。
（逆に言えば管理側で勝手に判断され書き換えられちゃう、問答無用で対応されちゃうサービスだとも言えますが。）
【追記】
はてなダイアリーはディレクトリ単位によるURLになりますので、サブドメインで区切られるはてなブログとは異なる対応になることも考えられます。
（ディレクトリ単位で分けるのではなく、ドメイン単位でペナルティを受けることになるとすると、他のはてなダイアリーもペナルティを受けることになります。しかし、Googleがディレクトリ単位だからといって他のブログと区別することが出来ないなんてことはあまり考えられませんが・・・）
「対象外だ・・・」とならないように。
万全を期すならアフィリエイトリンクにはnofollowをつける
今回のようにGoogleからアフィリエイトリンクがスパムだと判断されたように、ペナルティを受けないよう万全を期すなら、アフィリエイトリンクにはnofollowをつけるべきです。
当ブログでも何度も話題にしていますが、Googleは有料の被リンクはもちろん、アフィリエイトリンク（発リンク）全てをペナルティの対象にしているわけではありません。
「広告（PR活動）」としてのリンクは「rel="nofollow"」を入れて、検索エンジンにその旨を認識させればよいことが認められているのです。
「rel="nofollow"」を入れずに自然リンクと見せかけ、被リンクの評価を渡す（Googleのガイドライン風に言えば「PageRankを転送する」）ことがペナルティの対象、いわゆるリンクスパムとみなされる可能性が高いのです。
【有料リンク】広告（PR活動）リンクはしっかり「rel="nofollow"」をつけましょう - 検索サポーター
確認は大事。
アフィリエイト業者にも問題あり
これはアフィリエイトリンクのタグを提供している業者にも問題があることです。
Amazonのような大手の、いわゆる「名の知れた」アフィリエイトサービスであれば、アフィリエイトリンクにnofollowがついていなくても、Googleはアフィリエイトリンクだとみなしてくれます。
（Googleもアフィリエイトサービスだとちゃんと認識しているからです。）
しかし、Googleが知らないもの（マイナーな業者や独自のサービスなど）のアフィリエイトリンクについては、スパムと同じだとみなしてしまうことが往々にして起こります。
Googleとはいえど世界の全てのアフィリエイト業者、有料リンクを把握できませんし、それは不可能だからです。
これを悪用して、昔は「ウチのアフィリエイトサービスのリンクはSEO対策でも有効に働きます」を売り言葉にしていた業者も多く存在しましたし、今でもnofollowの定義を知らない、用法を理解していないサイト管理者のほうが圧倒的に多いので、そのリスクを知らずにリンクを貼ることでスパム行為に加担してしまっているということもあるのです。
nofollowがついていないアフィリエイトリンクは業者に（大丈夫な根拠を）しっかり確認するか、怪しいと疑ってかかったほうがよいとでしょう。
（最近のアフィリエイトリンクはちゃんとnofollowが入っているタグを用意していることが多いですが、それでも必ず自分の目で確認をすることをおすすめします。）
Googleにバレてペナルティを受ける（検索評価を落とされる、場合によっては今回のように検索結果に表示されなくなる）のは、そのリンクを貼ったあなたのサイト（ブログ）です。
（むしろ怪しいと感じたアフィリエイトリンクは貼らないほうがよい、極力使わないようにしましょう。）
