フッターなどテンプレート部分はコンテンツとみなさない
フッターに設置しているリンクにSEO効果はあるのか？
そのような質問が投げかけられ、Googleのジョン・ミューラー氏が「詰め込み型のリンクは無視をする」と回答したことが『Web担（Web担当者Forum）』のエントリー「HTTPSでインデックス済みのURLをHTTPに戻すにはどうすればいいのか？ | 海外&国内SEO情報ウォッチ | Web担当者Forum」のテーマ「キーワードを埋め込んだフッターリンクにSEO効果はあるのか？」にて纏められていました。
すなわち、フッターのリンクについてはGoogleはコンテンツの評価対象とはしていない、SEO効果はない（検索順位の評価に関係しない）ということです。
加えて言うなら、フッターだけでなくサイト（ブログ）のヘッダーや横カラム（サイドメニュー）にあるリンクもほぼ無視をされる、共通テンプレートとして貼られたリンクについてもSEO効果はないのです。
Googleは共通テンプレート部分にあるリンクは「そのページ固有のコンテンツ」とはみなしません。
これについてはGoogleのミューラー氏が過去に同じ回答を行っていますし、同じくGoogleのジネブ氏も「フッターやヘッダーなどサイトの全ページからのリンクは重視されない」と答えています。
【SEO】Googleはh1タグからメインコンテンツとして評価し、共通テンプレート定型文は評価に含まない - 検索サポーター
【SEO】サイト全体の共通テンプレート（ヘッダー、フッターなど）からのリンクは価値が低い - 検索サポーター
今回のようにSEO効果を期待してフッターにリンクを仕込む、逆に撤去をしたとしても、そのことで検索評価は上がらないというのがGoogleの結論です。
（「無駄なリンクのメンテナンスに時間を費やすのは意味がない」とも。）
諸葛亮いわく「ほかにすることはないのですか」
乱用はスパムと判定されることもあり
ただし、無視される（評価されない）からといってリンクを貼りまくってよいというわけではありません。
乱用するとスパムと判定され、逆に検索評価が落ちることがあります。
フッターに限らず、ヘッダーやサイドメニューにリンクを貼る理由の多くは「ユーザーにストレスを与えることなく、他のページやサイトへナビゲーションすること」ではないでしょうか。
だからこそヘッダーはそのサイト（ブログ）のメインカテゴリーを配したグローバルメニューであったり、サイドメニューは最新エントリーや人気エントリーなど、他のエントリーを推薦するものであったりします。
しかし、そこに小さなフォントで、そしてキーワードを詰め込んだ形でたくさんのリンクを貼るなどの行為を行えば、Googleはやはりスパムであると判定するのです。
そもそもそんな形で貼られたリンクが「ユーザーのために行われていることなのか？（ユーザーがリンクを使ってくれるのか？）」と考えてみれば、明らかに間違いであることは納得、理解できるでしょう。
（残念ながら以前は多少はSEO効果があったため、今でもフッターにキーワード詰め込みリンクを行っているサイトをたまに見かけますが…）
ユーザーが本当に使うためのフッターリンクなら何も問題ない。しかしSEOの効果を狙ってフッターにリンクを詰め込んでも、昔は効果があったかもしれないが、今は期待する成果は得られないだろう。それどころか度が過ぎれば、キーワードの乱用だとして手動対策の対象になりうる。
HTTPSでインデックス済みのURLをHTTPに戻すにはどうすればいいのか？ | 海外&国内SEO情報ウォッチ | Web担当者Forum
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今後もGoogleはコンテンツ重視の評価を行う
「以前は有効であったSEO対策も今は効かなくなって来ている」ということを見聞きすしますが、結局はそれが小手先のSEO対策であった、ただ抜け穴をついただけの手法だったということに他なりません。
それだけ今のGoogleはコンテンツ重視の評価を行っているという証明でもあります。
この姿勢は一貫として変わらないでしょう。
Google が掲げる 10 の事実 – 会社情報 – Google
もしあなたがSEO対策で迷ったらなら、「これは検索流入ユーザーのためになる施策であるか？」としっかり考えてみてください。
コンテンツ重視のSEO施策については以下にまとめていますので、是非ご参考に。
【SEO】2016年こそ心がけておきたいコンテンツ重視のSEO4つの項目 - 検索サポーター
