※ 2016/2/2：もうすぐ行われる予定のペンギンアップデートへの対応のためにも、nofollowをつけることを検討するよう追記しました。
共通テンプレートはメインコンテンツとはみなさない
サイト（ブログ）のヘッダーやフッター、もしくは横のカラムから（内部、外部問わず）リンクを貼っている方は多いのではないでしょうか。
かくいう当ブログもヘッダーやフッター、横カラムにリンクを貼っています。
以前に当ブログでも言及しましたが、サイト全体の共通テンプレート（特に定型文）についてはGoogleはメインコンテンツとはみなさない、すなわちコンテンツのSEO（検索評価）に共通部分はあまり関係しないと言われています。
【SEO】Googleはh1タグからメインコンテンツとして評価し、共通テンプレート定型文は評価に含まない - 検索サポーター
更にこれを裏付ける発言として、先週末の『Web担（Web担当者Forum）』のエントリー「SEOスパム前歴があるドメイン名を取得するのはイチかバチかの賭け!? | 海外&国内SEO情報ウォッチ | Web担当者Forum」のテーマ「サイト全体に渡るフッターからのリンクは価値が低い」にて、Googleのジネブ氏の「アルゴリズムに関していえばフッターやヘッダーなどサイトの全ページからのリンクはそれほど重視されません。」というTwitterでの発言がピックアップされていました。
@challierq je laisserai faire l'algo. Les liens sitewide en footer ou en header n'ont pas un tres grand poids en general.
— Zineb Ait (@Missiz_Z) 2016, 1月 25
サイト（特にブログ）の多くはCMSなどでテンプレートを使って構築しているでしょうし、必然的にヘッダー、フッター、横カラムはどのページも定型となっているでしょう。
今回のジネブ氏の発言によって、コンテンツ部分のSEO、検索評価にはテンプレート部分はテキスト文であろうとリンクであろうとあまり影響を与えることはないことが明確になりました。
特に内部リンク、外部リンク（リンク先にページランクを与えるもの）としてのSEO価値は、かなり低いものとなると言えます。
（以前の元ネタもGoogleのジョン・ミューラー氏の発言が元となっていますし、この話は確度がかなり高い話だといえます。）
迷ったらnofollowをつけておきましょう。
ただし外部リンクの貼りすぎはスパムと判定されることも
しかし、いくらテンプレート部分のリンクがそれほど重視されないとはいえ、リンクを多く貼りすぎるとスパム行為だとみなされる危険性はあります。
特に外部サイトのテンプレート部分から特定のサイトへの発リンクを多く貼りすぎると、不正なリンクとして問題視される、スパム行為だと認識される危険際は高くなると言えます。
それを避けるために、発リンク（外部リンク）にはrel="nofollow"を付けるのも一つの方法です。
「広告（PR活動）」としての発リンクということをrel="nofollow"を付けることでGoogleに（検索エンジンに）認識させることが出来ます。
【SEO】外部サイトへリンクすることはSEOで利点になるのか？ - 検索サポーター
しかし多くのサイト（ブログ）管理者が、ページランク（評価）を渡すためのリンクとしてテンプレート部分にリンクを設置しているわけではないでしょう。
もし、迷うことがあればnofollowをつけておけば間違いはありません（ペナルティを受けることはないでしょう）。
【有料リンク】広告（PR活動）リンクはしっかり「rel="nofollow"」をつけましょう - 検索サポーター
また、外部リンクを貼るにあたってもう一つだけ気を付けて欲しいことがあります。
SEOの効果を狙ってnofollowリンクの数を調整するのは大間違いであり、スパム判定をギリギリで避けることを狙ってリンクを調整することも絶対に止めましょう。
そんな小手先のSEO対策に拘るよりも、少しでもコンテンツを充実させる、質を上げることを考えて実践する、具体的な形に落とし込むことに時間をかけるほうが圧倒的に有意義なことです。
「内部、外部リンクを貼る目的は何なのか？」をしっかり考えてからリンクを貼ってくださいね。
サイト作成を請け負ったウェブ業者が、自分のサイトへのリンクを作成したサイトに設置することは珍しくない。問題はその目的だ。
外部サイトからのリンク獲得が目的であれば、数が多いと不正なリンクとして問題視されることがある。問題視されなかったとしても、サイトワイドのリンクは評価が低い。期待するほどの効果はないだろう。むしろリスクのほうが恐い。
単純にPRが目的ならば、nofollowを付けておけば安全だ。問題視されることはない。
引用：
SEOスパム前歴があるドメイン名を取得するのはイチかバチかの賭け!? | 海外&国内SEO情報ウォッチ | Web担当者Forum
【追記】
もうすぐ更新されるであろうペンギンアップデートのことを考えれば、いまのうちに怪しい被リンクは拒否の申請をしておいたほうがよいでしょう。
特にサテライトサイトから外部リンクとして被リンクを受けている場合、そのサテライトサイトがスパムサイトではなかったとしても、被リンクを含め低品質だという評価が下されれば、検索順位が下落する要因にも成りえます。
手動ペナルティを受ける前に、サテライトサイトからのリンクはnofollowをつけておくのも一つの方法ですよ。
【Google】次のペンギンアップデートは四半期中（3月まで）に実施予定 - 検索サポーター
